其实如何进行评估每一种物业都有自己最有特定的评估方法可供选择，常用的方法主要有市场比较法、收益法以及成本法。
市场比较法主要是针对房地产交易比较活跌的地区，有较多的与估价对象相类似的房产在近期内有较多的交易，而且是正常的交易（排除特殊交易情况比如拍卖，亲戚之间过户，税费（包税）等情况，或者上述情况可以进行修正到正常价格）
当然对交易案例的选择是有严格限制的，比如结构要相同，建筑面积相当，地段相同，成交日期与估价时点相近等等。
而对于成本法而言，主要是针对周边无类似交易案例可供参照，并且本身又无收益的房屋进行评估。
回到你所述的问题，市场法评估结果与成本法评估结果有何差异。理论上而言，市场法评估的结果相对成本法而言正常情况下会略高一些，当然也存在着比成本法低的问题（但是这种情况比较少，主要是由于土地的稀缺性问题引起的，成本法往往会有所滞后）。
现假设你的周边有存在较多的类似自建房的成交案例，那么选择至少三个以上的成交案例A、B、C，对于你所说的墙体以及圈梁等问题就会在估价对象的个别因素中的建筑结构一栏中进行修正以及差异化处理的。当然如果估价对象是18墙的，那么所选择的案例最好也都是18墙的，而如果估价对象是24墙，案例就应该属于24墙，由于市场上这种成交的案例本身就存在着交易价格的不同，所以会导致此二者价格的不同，当然理论上如果案例够精确的话，肯定是24墙的比18墙的市场价格高，这就必须估价师在实际操作中进行把握了。
实际评估中过程中，由于自建房大多数都无法找到较多的高质量成交案例可供参考（主要原因是很多成交是瞒价避税以及私下交易等等），导致估价案例失实无法采用，所以像你所述的自建房，在大多数情况下依然采用成本法计算为主，那么他的墙体与是否设圈梁等将会在建筑物的重置单价上得到差异与体现，其实二者并不予盾的。