看完你的资料,感觉A与B的风险太大了,理由:
(1)由于A建工厂所用之土地系村集体所有,仅签有租赁协议,只有当租赁期较长,价格优惠,且A能永续经营的情况下,建厂之成本才能在以后建筑的耐用年限内慢慢回收.只是如果遇到拆迁或不可抗力,导致租赁合同失效,那么地上的一切建筑物投入将得不到一个很好的补偿.（我一个朋友就是这样的，在温福铁路线上厂房被拆，由于是租赁集体土地，无法办理房屋所有权证，故拆迁中一度很被动，仅得到了建筑较少的补偿，且土地的补偿还归村集体）
（2）现在A的产权都成为一个问题，而B是在A的允许下再建房，那她的合法性更是没有保障了。
所以首先B根本就无法办理产权，更不用谈产权多少年划到A名下的问题。最多就是签定民事合同，双方约定在条件（1）理想的情况下，对B所建厂房使用权划分的问题。双方以抵扣租金方法来签这份协议？？我觉得房子能用多少年尚成问题，用这种方式明显风险较大。另年限的界定还要看A与村集体的租赁合同的年限为限。不亦超过租赁期。
希望我的回答会对你有所帮助