据《经济参考报》报道，我国公积金管理各自为政、低水平重复投资问题严重。目前全国有各级公积金管理机构606个，各地自行开发出上百套系统，单个系统投资动辄数百万元乃至上千万元，每年还有几十万上百万元的升级维护费，浪费惊人。
住房公积金制度在我国已有十多年历史。近年来，媒体报道和舆论关切主要聚焦于公积金缴存覆盖面窄、提取门槛高、长期“沉睡”贬值等问题，而对公积金管理机构、管理系统、管理体制存在的大量浪费关注不够。《经济参考报》的报道从一个方面提醒人们，住房公积金管理问题所在多多，须尽快完善立法、改革体制予以解决。
各地各级住房公积金管理机构逆互联互通、信息共享的时代潮流而动，各自为政壁垒森严，“老死不相往来”，几乎每个地方都把住房公积金当成专属自己支配的“私房钱”，把公积金管理系统当成 “私家宅院”，这严重不利于加强对住房公积金的监管，不利于提高公积金使用效率及预防惩治公积金浪费腐败，也与加快社会管理信息平台建设、促进管理信息社会运用的改革方向是背道而驰的。
同时，每个公积金管理机构都独立开发一套管理系统，每套系统的开发费、维修升级费用数额巨大，这些钱全部计入住房公积金管理成本，既不向社会公开，也游离于预算监督、审计监督之外，完全是一笔说不清道不明的糊涂账。对此，各地财政、审计以及有关专业机构应当依法介入，对所在地的公积金管理系统开展专项“查账”，看看每个公积金管理机构的管理系统的开发、升级维护项目是否进行了招投标，都是哪些企业中标，这些企业与公积金管理机构相关负责人是否存在利益勾连，说不定从中就能揪出“苍蝇”和“老虎”来。
要从根本上遏制愈演愈烈的住房公积金管理乱象，必须从国家创制的高度对公积金制度进行改革完善，实现住房公积金管理系统一体化、标准统一化、运行制度化、监督常态化。有关部委组织的《住房公积金管理条例》修改已历时数年，至今仍未完成草案稿。无论如何，住房公积金制度的任何改革，都不能偏离住房公积金的本位——住房公积金是国家机关、国有企业等单位及其在职职工缴存的长期住房储金，属于职工个人所有，任何单位和个人不得挪作他用。
2010年和2012年，中央确定两批利用住房公积金贷款支持保障性住房建设试点城市，先后涉及92个城市的400多个经济适用房、棚户区改造安置用房、公共租赁住房建设项目。将住房公积金贷款用于保障房建设，已经突破了住房公积金法定的用途范围，出现了偏离住房公积金本位的倾向。此外，有关方面建议将住房公积金管理中心改造成为“住房保障银行”，相当于把属于职工个人所有的住房公积金，变成住宅政策性金融机构的资产，仍然存在着挪用职工财产、侵犯职工利益的政策风险，不可不慎。
住房公积金制度需要改革，但改革必须以保障住房公积金安全、维护职工权益为第一要义，否则改革反而可能加剧公积金管理乱象，使公积金制度陷入迷失本位、积重难返的困境。
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