协议不能成立.就我所知,你父亲过世之后并没有进行遗产分割(因为你说你奶奶并不知道你父亲已经过世,她就当然不知道自己享有遗产的1/3),在没有进行遗产分割的情况下,你母亲不能在未经同为第一遗产继承人的你和你奶奶同意的情况下将房子出售(你同意当然例外),而合同有个法律特征就是:合同是两方以上当事人的意思表示一致的民事法律行为.合同的成立必须有两方以上的当事人,他们相互为意思表示,并且意思表示相一致.在你奶奶这个当事人(第一遗产继承人)未同意的情况下,合同不能成立.
就算合同成立,你也可以依据合同履行中的情事变更原则(是指合同有效成立后,履行前,因不可归责与双方当事人的原因使合同成立的基础发生变化,如继续履行合同将会造成显失公平的后果.在这种情况下,法律允许当事人变更合同的内容或解除合同,以消不公平的后果.)在你奶奶这个变化上为由,将合同解除.
合同不成立和合同解除的情况下你都不用赔偿违约金,并且中介机构并不属于合同的权利人,没资格要你们赔偿违约金,更不用说他是个无证经营的公司,你们可以以其阻挠你们与买房方进行正常合同协商(或有足够证据证明中介误导你们,将你们欺骗)为由将其起诉.
以上只是就个人所知所做回答,具体你们需向专业人士(如律师)咨询较保险.有专业人士的法律知识导引,相信你们会将此事解决