按道理是肯定要补偿的，只是问题在于一般农村自建房的土地属于集体所有，个人仅仅拥有的是土地的使用权，而没有所有权，故一般补偿的价格都比较低。如果是政府项目，他是可以无偿征用，然后视具体情况给予适当的赔偿的。
另外一种情况是很多地方是按照建筑面积来进行赔偿，同时建筑面积所对应的土地使用权价值也含在里面一起补偿。并未进行分割说土地赔多少，建筑赔多少。所以具体情况应具体分析。