此次清理整顿的重点是，未经国务院和省级人民政府批准擅自设立的各类开发区以及虽经省级人民政府批准、但未按规定报国务院备案的各类开发区。该《通知》中明确要求，各类开发区的位置和建设违背城市总体规划的，要暂停建设，进行清理和纠正；因特殊情况确实需要调整城镇体系规划或城市总体规划的，必须进行专门论证，按照法定程序调整规划。对超过城市总体规划确定的规划建设用地规模和范围的，暂停所有建设用地和建设项目的规划审批，并会同有关部门核减开发区用地规模，重新核定开发区用地范围和四至界限；对缺乏建设条件，项目资金不落实，所圈占的土地要坚决依法收回；对擅自进行开发建设的，要依法严肃查处。按照国务院的要求，开发区规划管理权要集中到市一级城乡规划部门。凡是违法下放规划管理权的，必须立即纠正。
《通知》规定，开发区清理整顿工作，要在2003年底前完成。各地凡未按要求完成清理整顿的，将被停止建设用地和项目的规划审批。对清理整顿工作领导不力、进展缓慢的，将被通报批评；对存在的违法违规问题拒不改正的，要追究有关人员的行政责任。
按规定，对申请新设立开发区的，以及对现有各类开发区申请扩区、改变区位或升级的都必须符合城市近期建设规划。不符合近期建设规划的，必须通过科学论证后，按照法定程序调整近期建设规划。《通知》指出，开发区规划与城市总体规划不符的，要依据城市总体规划进行调整，并按照规定程序报批；自2004年1月1日起，凡开发区规划、控制性详细规划未按法定程序批准的，各地不得新批准建设用地和建设项目；城市规划区内及其边缘地带的各类开发区的规划建设，必须纳入城市的统一规划和管理。开发区所在城市的城乡规划行政主管部门统一负责开发区规划的组织制定，选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证的审批；《通知》强调，开发区不得设立独立的规划管理机构。各类开发区已设立的规划管理机构，都应作为所在城市城乡规划行政主管部门的派出机构，行使委托的建设项目建议权和规划实施监督检查权；开发区所在地县以上人民政府城乡规划行政主管部门，应当依法参与组织编制开发区国有土地使用权出让规划和年度计划，明确出让地块数量、面积、位置、出让步骤等，并纳入城市近期建设规划，作为土地使用权出让的基本依据。具体地块出让前，开发区所在地城乡规划行政主管部门，要依据已批准的控制性详细规划提出出让地块的开发强度和规划设计条件，作为测算土地出让金的主要依据，并纳入土地出让合同。《通知》还要求，各城市要把经批准的开发区规划向社会公布，并建立违法案件举报制度。
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