这两种产权证书在本质上是没有区别的，都是购房者拥有房屋所有权的合法书面凭证，其财产权利受国家相应法律法规的保护和规范，但是在使用和交易方面有着一定的区分。

完整的房屋所有权包括四个部分：房屋使用权、占有权、处置权和收益权。普通商品房的产权证书拥有全部的这四项权利，在不违反法律规定的情况下，可以自由转让、出租或赠与，不受任何单位或个人的限制和干涉，其收益全部归个人所有，购买人除税费外不需要交其他的费用。

房改房产权证基本可分为两种：按成本价购买的产权证（下简称成本价）和按标准价购买的产权证（下简称标准价）。

成本价的产权证说明该房屋的使用、占有、处置的权利全部归产权人所有，不需经过原产权单位同意就可处置，但该房屋不能办理赠与，在收益权上受到一定的限制。　标准价的产权证说明该房屋的使用、占有权归产权人所有，而在处置权和收益权上就受到很大的限制了，标准价的房屋也不能赠与。首先，标准价的产权证只能说明产权人对该房屋拥有部分产权，原产权单位拥有其中部分价值份额，产权人要想上市交易，原产权单位拥有优先购买权。如果原产权单位放弃优先购买权，交易后，售房款在扣除税费后，由产权人和原产权单位按照房屋所有权份额比例进行分成。产权人也可以向原产权单位补齐标准价和成本价的差额，将标准价变成成本价，就可以拥有房屋全部产权。

另外，从形式上来说，商品房房产证不做备注，房改房的房产证有备注,如:成本价房,标准价房。