婚前你俩均符合当时成本价购集资房的条件，尽管房产证购房三年后办理，但作为你们，当时已经分别履行了购房的义务，产权归属其实已经发生转移分别属于你俩。单位现在的异议是没有道理的。
由于成本价购买集资房，单位多与购房职工签有协议，对产权、转让等作特别约定。如果你们没有违约，单位也应严格履约。协议中没有婚前婚后集资房的相关限制条款，单位应认定这种不违规不违约的既成事实。
严格说来，各自已经分别成交的房屋买卖，单位如果因为职工成婚成家要求补交市场差价，是一种反悔的表现，有违诚实守信原则，按照经济合同法属违约行为。