我是沈阳市规划和国土资源局东陵分局的工作人员，现就你提出的问题回答如下：
一、你提到：“这座厂房是他在自己农田里建造的”。根据《全国土地分类》，该宗地用途应为农用地。根据《土地管理法》第4条：国家实行土地用途管制制度。国家编制土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。使用土地的单位和个人必须严格按照土地利用总体规划确定的用途使用土地。《土地管理法》第44条：建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
因此，首先你以及该集体土地所有者（即该村）应当共同到当地的规划和国土资源管理部门申请办理农用地转用审批手续。
二、在办理完农用地转用审批手续后，根据《土地管理法》第43条：任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地。
因此，你以及该集体土地所有者（即该村）应当共同到当地的规划和国土资源管理部门申请办理征地审批手续。
三、在将该宗土地征为国有，并支付了补偿费和安置补助费后，你就可以持征地批准文件，到当地的规划和国土资源管理部门申请进行土地登记了。但前提是该宗地处于城市规划区范围之外，如果在城市规划区范围之内，还应持征地批准文件，先行根据《城市规划法》第31条关于“在城市规划区内进行建设需要申请用地的，必须持国家批准建设项目的有关文件，向城市规划行政主管部门申请定点，...核发建设用地规划许可证。”的规定申请办理建设用地规划许可证。
你想使用该宗地作为“仓库”，根据《全国土地分类》，属于建设用地中的工矿仓储用地中的“仓储用地”，地类代码为223。工业用地可以根据《土地管理法》第55条：以出让等有偿方式取得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和办法，缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。
因此，在支付相关费用后，你就可以领取到《国有土地使用证》。
四、在领取了《国有土地使用证》后，就可以去办理房产、消防等相关手续了。
补充：根据《土地管理法》第63条：农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。
第76条：未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
因此，该宗地上新建的房屋属未批先建的违法建筑，而且占用农用地不符合土地利用总体规划，应予以拆除